Thessaloniki liegt im Norden Griechenlands. Die Stadt liegt auf dem 40. Breitengrad, dies hat Thessaloniki mit New York, Neapel und Peking gemeinsam.
Thessaloniki liegt etwa 512 km nördlich von Athen und etwa 510 km südlich von Belgrad. Die Entfernung nach Istanbul, welches in östlicher Richtung liegt, beträgt auch etwa 510 km. Durch diese sehr zentrale Lage auf dem Balkan bildet Thessaloniki das Zentrum des Balkans und ist Sitz verschiedener internationalen Organisationen, welche auf dem Balkan operieren.
Thessaloniki hat bereits in der antike an der Via Egnatia gelegen und ist somit ein wichtiger Handelsort gewesen. Heute liegt Thessaloniki an der neuen Egnatia. Die neue Egnatia verbindet die westgriechische Hafenstadt Igoumenitsa mit Istanbul. Von Igoumenitsa aus gibt es Fährverbindungen nach Venedig, Ancona, Bari, Brindisi und einigen Inseln im Ionischen Meer, wie zum Beispiel Korfu.